Perturbation
Si la densification est essentielle en syntropie, elle s'accompagne de son principe miroir en complémentaire : la perturbation.
Dans les écosystèmes d'abondance, la perturbation provient des grands animaux qui mâchent et cassent certaines plantes, voire les détournent pour d'autres usages (grands singes faisant leur nid, etc.).
Dans un jardin syntropique, la perturbation correspond à l'acte de tailler/couper une plante (là où la densification prendre forme dans l'acte de planter/semer).
Il s'agit donc en apparence de retirer de la verdure. Mais en apparence seulement, car au delà de la perte de densité provisoire qu'elle entraine, la perturbation a de nombreuses propriétés qui, à terme, alimentent et accélèrent la progression du système vers l'abondance.
Apports de la perturbation
La perturbation offre plusieurs bénéfices dans un système syntropique :
Relance de la croissance
Contrairement aux animaux, la majorité des plantes ont une croissance dite "indéterminée", ce qui signifie qu'elles peuvent, en principe, continuer à produire de nouveaux tissus indéfiniment.
Sous certains aspects, le cycle de vie d'une plante peut ainsi être inversé. En effet, une plante progresse dans son cycle au fur et à mesure de sa pousse. Le fait de la tailler peut alors retarder certains aspects du vieillissement en stimulant la production de nouvelles pousses et en éliminant des parties vieillissantes ou malades.
Les étapes de la vie d'une plante sont les suivantes :
En taillant la plante avant sa floraison, on peut ainsi la maintenir dans un stade de croissance, et lui permettre de produire encore plus de biomasse.

Il serait imprécis d'affirmer que la plante "rajeunit" lors de ce processus, puisque son vieillissement à l'échelle cellulaire n'est pas inversé. Cependant, elle pourra perdurer plus longtemps et plus intensément en tant que plante productrice de biomasse.
Ajout de biomasse

Lors de la taille de perturbation, la matière organique coupée est laissée au sol et vient en nourrir l'humus. Ainsi, la plante ajoute une quantité nette de biomasse au système, puisqu'une fois qu'elle aura retrouvé sa hauteur d'origine, toute la biomasse retournée au sol pourra être vue comme un "bonus" supplémentaire qui n'aurait pas existé sans perturbation.
Système racinaire

Note : Cette partie présente des phénomènes résultant majoritairement d'observations empiriques, mais n'étant pas totalement compris ou établis d'un point de vue théorique. En effet, la maillage informationnel des plantes est un sujet encore très ouvert en biologie.
Les plantes d'un écosystème sont très liées par leur système racinaire. A ce niveau, des nutriments, de la biomasse et de l'eau sont partagés mais également, on le suppose aujourd'hui, de l'information. En effet, de nombreuses observations de terrain attestent du fait que la perturbation d'une plante semble rapidement conduire à la stimulation de la pousse chez ses voisines. La vitesse de cette réaction laisse penser qu'une corrélation forte (dont le mécanisme reste à déterminer) existe entre plantes voisines et que, dans certains contextes, la taille de l'une peut impacter directement la pousse des autres.
Libération d'espace

Si la densification est importante dans l'absolu, certaines nuances sont à y apporter. L'objectif réel n'est pas de densifier aveuglément, mais intelligemment. La perturbation permet alors à la jardinière d'agir comme une cheffe d'orchestre, et de mettre en attente certaines plantes pour laisser la place à d'autres, plus propices pour le système. Les principes concrets à suivre pour choisir quelle plante tailler dépendent du contexte, du moment, et de l'endroit. Ils sont décrits avec plus de détails dans la partie pratique de ce wiki.
Gain de lumière

Dans la même idée que la section précédente, la perturbation permet aussi d'agir sur la distribution de la lumière au sein du système. Si cette répartition est déjà pensée à l'échelle "macro" lors de la mise en place des strates, la perturbation permet d'y apporter des ajustements plus fins, adaptés à la situation spécifique de chaque plante. Il s'agit ici encore d'un arbitrage : réduire la photosynthèse quelque part pour l'augmenter d'autant plus ailleurs. A nouveau, les principe à suivre pour ce faire sont décrits dans la partie pratique du wiki.
Impacts de la perturbation
Bien que la perturbation offre de nombreux apports, elle constitue également un petit choc pour les plantes. Il est donc nécessaire de perturber uniquement les plantes qui sont capables d'encaisser celui-ci.
Plusieurs critères peuvent être listés pour ce faire, comme la quantité de biomasse "excédentaire" sur la plante, la disponibilité des ressources en eau au moment de la taille, l'état de santé général de la plante, etc.